アップロードするファイルは、 ワイルドカードなどによって選択が可能です。 ワイルドカードは files.Key= で指定します。
files.Key=の指定は省略できます。省略した場合は全ファイルが選択されます。

ワイルドカードで選択されたファイルから、正規表現で更に絞り込むことができます。
正規表現は files.target= で指定します。
files.Key= の指定を省略して、 files.target= の指定だけで アップロードするファイルを指定することもできます。

files.Key= と files.target= でアップロード対象となっていても、ファイル名が files.target.No= で指定した正規表現に一致するものは 除外されます。
例えば xmlファイル だけをアップロードしないときは、 files.Key= や files.target= の指定は省略し、
  files.target.No="\\.xml$"
だけを指定します。 xmlファイルとhtmlファイルをアップロードしないのなら、
  files.target.No="(\\.xml$)|(\\.html$)"
になります。

一定サイズ以上のファイルはアップロードしない場合は、 files.MaxSize= で指定します(バイト単位)。指定しない場合、サイズ制限はありません。

files.Key= や files.target=、 files.target.No=、 files.MaxSize= のオプションだけでは アップロードしたいファイルを絞り込めないときは、 files.StoredFiles= で指定するHashTableに、あらかじめアップロードしないファイルを フルパスで設定しておきます。
詳しくは、 「フォルダのファイルをFTPアップロードする」 のサンプルを参照してください。

アップロード先でのファイル名は、元ファイルを引き継ぎます。
例えば、ローカルファイル
  C:\Work\test.txt
を、サーバ上の /user/Hello/Wrkディレクトリ にアップロードする場合、 サーバでのファイル名前は
  /user/Hello/Wrk/test.txt
になります。
ファイル名に日本語が含まれる場合、そのファイルはアップロードされません。

このように元ファイルの名前を引き継ぐのが原則ですが、 files.name.Replace=オプション を指定することによって、単純な置換でアップロード先でのファイル名を変更することができます。
例えば
  files.name.Replace="てすと→test"
という指定があるとき、ローカル側のファイル
  C:\Tmp\てすと001.txt
  C:\Tmp\てすと002.html
  C:\Tmp\てすとtest001てすと.txt
  C:\Tmp\てすと\てすと.doc
はそれぞれ、
  test001.txt
  test002.html
  testtest001test.txt
  test.doc
の名前でアップロードされます。
この置換は拡張子やパス部には適用されません。

Webホスティングサービスなど、サーバによっては ファイル名に禁止ワードを設定している場合があります。
例えば、t35.com では proxy という文字列をファイル名に含ませることはできません。 aaa_proxy.html といったファイル名をftpアップロードしようとすると 550エラー(550 Forbidden filename) になります。
また . を複数含むファイル名を許容しないサーバもあります。例えば、 freewebsites.com系のサーバでは aaa.1.jpg といったファイルはアップロードできません。 aaa1.jpg のような . を拡張子の前に１つだけ含むようなファイル名でなければなりません。